結論から言うと、Unity Editorを更新してプロジェクトを変換するときは、元のプロジェクトファイルをバックアップしましょうという話。
発生した事象
Unity Editorを2020.2.1f1に更新し、2020.1.17f1で動いていたプロジェクトファイルを変換。しかし変換に失敗した警告が出る。
2020.1.17f1に戻せば良いかなと思ったが、プロジェクトファイルはこの時点で2020.2.1f1仕様になっており、再変換扱いになる。
結果として、プロジェクトが壊れた。
おまけ
壊れたプロジェクトはスナップショットから取り戻しました。
定期的にスナップショットがとってあると、こういう時に助かりますね。